La dirección de Ciudadanos ha expedientado y expulsado a dos altos cargos y un militante de Córdoba por disensiones internas respecto al sistema de selección de candidaturas. Así, Ciudadanos Córdoba, que cuenta con nueve miembros en la dirección, tiene a dos de ellos expulsados o amenazados de ello.
Los miembros expedientados son Juan Muñoz-Blanco, catedrático de Biología Molecular en la Universidad de Córdoba, Antonio Monge, uno de los candidatos que se presentaron a las primarias de las autonómicas, y José Miñarro, quien fue responsable de campaña y miembro de la junta directiva.
El conflicto surgió a raíz de la elección de Fran Carrillo como cabeza de lista de las autonómicas cuando ya se contaba con Isabel Albás. Este se agravó cuando la dirección aprobó en calidad de afiliados a Antonio Barrionuevo Eva Timoteo y David Dorado como propuestas no vinculantes para aparecer en las listas de las municipales sin consultar antes a la afiliación.
Como prueba se ha utilizado una conversación privada por chat donde los expedientados expresaban opiniones divergentes a la dirección de la formación naranja.
